El Liceo Javier como obra apostólica de la Compañía de Jesús toma sus principios y fundamentos de su tradición educativa. Esta orden religiosa fue fundada por Ignacio de Loyola y un grupo de nueve compañeros en 1540. Desde sus inicios, la Compañía considera la educación como un medio privilegiado para el desarrollo integral de las personas: “la ayuda de las almas, y el mayor servicio divino”, como se repite tantas veces en las Constituciones de la Compañía. Esta tradición bebe de la fuente de los Ejercicios Espirituales de San Ignacio de donde mana toda la filosofía, la espiritualidad y la pedagogía ignaciana.

San Ignacio estaba persuadido de que no existe para el humano camino para la auténtica búsqueda de Dios, que no pase por una zambullida en el mundo de la creación (CG34, D4, n.7). Si el ser humano es el camino hacia Dios, para Ignacio el punto de encuentro del ser humano con Dios está en el mundo. Esto significa que uno de los rasgos distintivos de la educación de la Compañía, es que la educación debe estar profundamente enraizada en la realidad del mundo, es decir, una educación eminentemente humanista. Por tanto, las instituciones educativas están llamadas a que su tarea evangelizadora esté encaminada a recrear un nuevo tipo de humanismo acorde a nuestro tiempo, es decir, a ser un centro de evangelización en plataforma educativa.

Esta tradición educativa se ha nutrido de un grupo de Documentos Corporativos escritos por el mismo Ignacio de Loyola: la parte IV de las Constituciones de la Compañía de Jesús, sus Cartas y Orientaciones con motivo de fundación de colegios y universidades. Con base en los escritos ignacianos, el aporte de muchos jesuitas y la experiencia de largos años, se cristalizó la práctica educativa y pedagógica propia de los Jesuitas en la llamada “Ratio atque Institutio Studiorum Societatis Iesu” (Sentido y Estructuración de los estudios de la Compañía de Jesús) la cual, desde 1599, orientó los objetivos, métodos y curriculum propios de los colegios y universidades dirigidos por la Compañía alrededor del mundo. Entre sus principios postulaba: La CURA PERSONALIS o atención a cada uno de los educandos, y la EXCELENCIA INTEGRAL. Estos principios y sus concreciones metodológicas se siguen manteniendo como fundamento de la educación de la Compañía de Jesús a lo largo de los siglos.

Ante las necesidades que la educación actual afronta, a finales del siglo XX e inicios del XXI, se publicaron nuevos Documentos Corporativos, que el Liceo Javier ha integrado en su Proyecto educativo:

1. “Características de la Educación de la Compañía de Jesús” (1986).
2. “Pedagogía Ignaciana, un planteamiento práctico” (1996).
3. “Proyecto Educativo Común de la Compañía de Jesús en América Latina” (2005).
4. “La Excelencia Humana” (2014). Documento que expone el tipo de persona que se pretende formar: hombres y mujeres para los demás, conscientes, compasivos, comprometidos y competentes.

Desde sus inicios y durante siglos de historia, la Compañía de Jesús ha configurado como parte importante de su misión dentro de la Iglesia el apostolado en la educación. El Liceo Javier, tiene su principio y fundamento en esta rica tradición educativa y dan norte al quehacer de nuestra Pastoral educativa.

Al mismo tiempo, la Pastoral Educativa del Liceo Javier, se nutre y enriquece de las reuniones de homólogos de Pastoral de la Federación Latinoamericana de colegios confiados a la Compañía de Jesús (FLACSI).

Dos documentos importantes han surgido de esas reuniones:
1. Consideraciones para nuestro trabajo Pastoral en un colegio. (Argentina 2010)
2. Retos y Fines de la Pastoral Educativa Escolar Ignaciana, en los colegios de la Compañía de Jesús en Latinoamérica -el cual se encuentra en revisión-.(Panamá 2016)