Pretendemos potenciar en los alumnos aquellos factores que les motiven al aprendizaje de las ciencias orientándolos a la comprensión de su dinámica de vida y a la reflexión de los cambios que la actividad humana provoca en el medio. Esta motivación supone una profunda reflexión cristiana que nos permita actuar en el cuidado de nuestra casa común y en el mejoramiento de nuestra relación con Dios.

Los aprendizajes que se favorecen desde el área de ciencias naturales contemplan desarrollar las competencias de pensamiento en sus dimensiones de: pensamiento reflexivo, lógico, analítico-sintético, crítico-constructivo, sistémico, así como la resolución de problemas. Fomentamos la búsqueda de la excelencia participando en eventos académicos interinstitucionales.

Particularmente, en la exhortación del cuidado de nuestra casa común, nuestras acciones formativas y de incidencia ecológica las concretamos en alianza o cooperación con otras instituciones afines en Guatemala, así como con los colegios de la Compañía de Jesús en Centroamérica.